Na der wichtigste Grund wird wohl sein, dass Gilmour für alle Songs, die er spielt, Autorentantiemen abdrücken muss und somit dann bei jedem Konzert ein (sehr kleiner) Betrag an Waters geht.
Das gilt dann aber wohl hauptsächlich bei Songs, zu denen er gar keine Credits hat. Wenn er aber z.B. Comfortably Numb nicht spielt dürfte es in erster Linie an dem Grund liegen, den ich schon genannt hatte: er kann es halt nicht mehr so, dass es dem Song Ehre tut.